1、在企业设立登记与监管方面的区别
上海自贸区内的企业工商设立时间环节简化。
上海贸易区内内资企业取消合资企业3万元最低注册资本、一人有限公司10万元最低注册资本 、股份有限公司500万元最低注册资本要求。
取消两年内实收资本到位的要求，股东可自定义约束出资时间，同时，如因业务需要可实缴注册资本，通过提交验资报告，可在工商网站查询到企业相关实缴信息。
行政审批制度上实行“先照后证”政策，也就是说可以先取得法人主体资格后办理公司特种行业审批，但涉及132项事宜，还需先办理前置审批后方可办理法人主体资格。由于目前132项范围还未正式出台及自贸区细则未出台实施，现企业办理情况还按原先办理操作。
取消公司年检制度，采取每年3-6月30日前由市场信用网站向社会公示，及年度报表自主贴在相应网站进行公告。
2、海关和外汇等方面的差异
上海自贸区内海关流程上简化进口货物实行先申报仓单，先提货，简短操作上的流程。上海自贸区内进口商品可在自贸区内免征关税，对销售到自贸区外的内销货物，进行补征关税，对销售出口则可免征关税。
外汇政策因人民银行关于自由贸易区专项政策还未出台，外汇这块是否会更加简细化未知，其相关人民币自由兑换属于误区，其实质国家这块还未准备开放。因上海自贸区正实行试点，相关企业政策，海关操作流程，外汇及其征收问题还存在很多试行和磨合阶段，自贸区细则也未正式出台，还等其完善。
3、上海自贸区贸易型企业优势分析
自贸区贸易型企业优势在于进出口这块，海关报关手续的简化减少了货物中转的时间，减少可能因处理不善造成滞纳金的行为，有利于企业在货物的质押及其销售环节上提高效率，同时，在自贸区内进口商品免征关税可以让企业在未销售货物前，缓解现金流因关税流失造成周转问题，自贸区同时还保留原先外高桥的优势，可以经营转口贸易，符合要求每年还可申请财政扶持政策。
不过因上海自贸区相关细则还未出台，其作为试点型区域，存在一些操作上的磨合和政策上的变动，人民银行关于自贸区专项还未出台，所以在结汇外汇上有什么优势还有待考察，同时自贸区出台的七项税收政策中，主体宗旨在于减缓企业在体制变革环节、生产环节、运营环节减缓前期企业在投入未盈利过程中，因税收给企业带来的负担。这也许也是自由贸易区希望打造出的一个运营环境，这样可以让企业在前期投入巨大资金且未盈利时，不再给企业带来额外的负担。
